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人類健康影響方面：
基改作物所產生的蛋白質可能是過敏原。經核准的基改食物也常發現對小動物有傷害；長期使用是否對人體有害也還沒有定論。
環境危害方面：
抗蟲基改作物所產生的毒素可能殺死其他的有益昆蟲；抗除草劑作物可能導致除草劑的使用量增加，而造成野生植物種類減少；
基改植物花粉可能污 染到野生植物...等，這些都會降低自然界的生物多樣性。
經濟損失方面：
由於基改作物研發經費很高，轉嫁到農民，農民要付出2-5倍的種苗費。害蟲會產生抗性，讓基改作物失效。傳統作物或者有機
作物若受到基改污染，會不利於銷售，更會受到外國的抵制，早成出口的損失。
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